Face à la difficulté de maintenir naturellement certaines populations d’espèces messicoles, de pallier à la destruction de stations particulières ou encore dans la perspective de réintroduire les plantes messicoles disparues dans leur milieu d’origine, les gestionnaires sont parfois amenés à envisager des mesures de conservation ex-situ. Cette technique de conservation d'une espèce végétale menacée intervient hors du milieu naturel et s'appuie sur la constitution d’une banque de semences et/ou la préservation de plants au sein de jardins conservatoires.
L'introduction des graines en banque se fait selon un protocole scientifique précis. Les semences collectées sont séchées, nettoyées et triées puis pesés et conditionnés avant d’être conservés par congélation ou réfrigération. Ainsi stockées, ces ressources végétales et leur patrimoine génétique restent à disposition pour des travaux de recherche ou des opérations de restauration, de renforcement voir de réintroduction de populations. Cette procédure ne doit cependant en aucun cas se substituer aux mesures de conservation des populations existantes dans la nature.
Plusieurs structures sont particulièrement impliquées dans la conservation ex-situ des plantes messicoles à savoir les conservatoires botaniques nationaux (CBN), le conservatoire national des plantes à parfum, médicinales et aromatiques (CNPMAI), le conservatoire de plantes messicoles de la Morellière et le jardin botanique de Caen.
90 taxons messicoles sont actuellement en conservation dans au moins 1 CBN, dont 16 des 18 menacés de disparition et les 2 disparus de métropole (Camelina alyssum au CBNBP, Lolium remotum au CBNB). Des tests de germination ont été pratiqués sur 81 taxons dont 1 disparu de métopole.
